Uzyskane podczas wytrącania się osadu frakcje komórkowe można dalej oczyszczać za pomocą wirowania równowagowego w gradiencie gęstości (wielkość określająca najszybszy przyrost gęstości oraz tempo jej przyrostu). Osad przeznaczony do wirowania nawarstwia (nanosi) się na powierzchnię określonego roztworu (np. fikolu o zróżnicowanym stężeniu). Podczas procesu wirowania w gradiencie gęstości organella (od słowa organellum) komórki wędrują w kierunku rejonów, które posiadają gęstość równą ich własnej. W ten sposób powstają pasma zawierające oczyszczone frakcje (to część mieszaniny ciekłej, otrzymywana w procesie rozdzielania, np. wytrącanie osocza i krwinek z krwi). Kolejnym krokiem jest zebranie ich oddzielnie i poddanie dalszym procesom badawczym.